由于藥品冷凍干燥過程會產生多種應力，對凍干藥品的藥性有很大的影響，因此在凍干機對藥品冷凍干燥過程進行合理設計，對于減少凍干損傷和提高凍干藥品的質量有重大的意義。

  凍干機在冷凍干燥過程中的凍結過程非常重要，因為在凍結中形成的冰晶形態(tài)和大小以及玻璃化程度不僅影響后繼的干燥速率，而且影響凍干藥品的質量。因此在凍干機凍結過程中必須考慮配方、凍結速率、凍結方式、以及是否退火等問題。

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